关于政教关系的讨论，一直是当代基督教的一个重要课题。在西方政教关系的讨论之中，通常是探讨基督教在不同的年代，或是一些不同的宗派，关于「政权」和「教权」关系演变的讨论。而这种政教关系在某些时候是具有紧密的关系；但在另一些时候，则又具有对立的关系。而在当代西方基督教国家，则是在政策上采取政教分立的关系，并也因此就衍生了种种的议题，例如「世俗化」就是这其中的一样重要议题。

    然而要看待台湾民间的政教关系，以西方这种教权和政权分开讨论的方式确实是不适用。若要正确地来观察台湾民间的政教关系，就势必要探讨封建体制对台湾民间信仰者的影响。

    在封建体制当中的皇帝称为天子，这说明了民间所认知的皇帝，一方面是世俗政权的君主，但也一方面说明他也具有的神权地位。举一例而言，民间所信仰的玉皇大帝可以封立神明，而就民间而言，皇帝是和玉皇大帝一般，同样有封立神明的权力。

    在民间信仰中有诸多神明，主要是来自天庭的册封，这些神明大多都是神话故事里的人物，如太子爷、齐天大圣- ---等；但也有一些民间所认知的神明，则就是由皇帝所封立的，最显著的例子就是妈祖，妈祖最早是由宋徽宗首先封立的，并且也是按照后宫的等级来封立，在宋朝时期妈祖由「夫人」的等级而升至「妃」，一直到清朝时期，经由当时皇帝的封立，妈祖的神格才升到「天后」的等级。

    也因此在台湾民间的认知之中，纵使是人间的皇帝，他们也具有和玉皇大帝一般有分封神明的权力。然而在封建体制之下一般民间的官吏，同样也是由皇帝封立的。这使得民间认为这些地方父母官和地方神明，其实都是皇帝封立的，也都隶属在同一个封建制度的体系内。也就是就台湾民间的信仰者而言，无论是政权和教权，其实都是掌握在封建制度的统治者的手中。

    这种封建体制所建立的政教关系，时至今日虽然台湾已走向民主制度，但却仍然深刻地影响到台湾的政教关系。例如在地方庙会活动之中，地方父母官就经常成为宗教祭祀活动中的主祭者。对这些民间宗教的信仰者而言，他们认为地方父母官参与这类祭祀活动是天经地义的。他们甚至会在地方性的宗教活动之中，动用到地方的政治资源。例如北部北宜公路沿线的某乡镇在1999年办了一次大型的普渡法会，在该次的普渡法会之中，就包含上自国家元首、以迄两县的首长，五个地区乡镇市长的参与之外，该次活动完全是由当地乡公所人员来负责。也就是那次的宗教活动，完全是由政治人物担纲来负责。

    甚至还有更为离谱的，在1997年南部某地区曾在某次的王爷醮典之中，就有地区部队负责支援该次宗教活动。由于这类王爷醮典都是遵循封建时期的礼仪来进行，因此祭祀者就必须扮演各类的清朝官吏。在封建时期官吏出巡时，通常都有侍从举牌随行。那一年就有某个宪兵部队，支援一整排的兵力，担任当时王府「旗牌官」出巡时举牌的侍从，甚至也同时轮班分担王府的卫哨勤务。

    而就祭祀活动的内容来看，在台湾民间祭祀活动中具有影响力的道士，他们在祭典之中，手中持著笏，也就是封建体制官员在晋见皇帝之时手中所拿的笏；他们的祭文，是用禀奏的方式来呈现；而在那些要烧王船的王爷祭典之中，信徒间流传著这些王爷被皇帝指派，负有「代天巡狩」的任务；并且在不公开的王府内部活动，内侍所采行的正是封建时期的礼仪。

    在某些活动现场，有一些虔诚的民间信仰者，他们穿上黑衣，戴上纸做的枷锁，志愿担任犯人的角色，并且在庙宇周围打扫，以此担任犯人的苦行来祈福。

    这些事例都是说明了台湾的民间信仰活动，其实都是在封建体制的架构中进行，由于封建体制之中政治官吏和宗教神明都是由皇帝所封立，也因此在封建制度时期，当时的地方官员就不敢怠慢这些宗教事务。

    时到今日，虽然官员的任用是在民主政体当中所产生，但由于深具影响力的民间信仰，仍然是以封建制度的遗风来进行宗教活动，这就使得这些民主体制中的政治官员，也是想当然尔地担任宗教活动祭祀人员，并且也可藉此迎合选民。

    当代的台湾虽然已经走上民主政治，并且也有一些学者诸如瞿海源等人大声疾呼，希望国内能建立起政教分立的政治体制。但在台湾民间信仰的领域之中，因著封建体制的影响，使得政治人物不自觉地，就认为自己具有参与地方上宗教活动的义务，并且也藉著这些宗教活动，更加地累积自身的政治声望。