關於政教關係的討論，一直是當代基督教的一個重要課題。在西方政教關係的討論之中，通常是探討基督教在不同的年代，或是一些不同的宗派，關於「政權」和「教權」關係演變的討論。而這種政教關係在某些時候是具有緊密的關係；但在另一些時候，則又具有對立的關係。而在當代西方基督教國家，則是在政策上採取政教分立的關係，並也因此就衍生了種種的議題，例如「世俗化」就是這其中的一樣重要議題。

    然而要看待台灣民間的政教關係，以西方這種教權和政權分開討論的方式確實是不適用。若要正確地來觀察台灣民間的政教關係，就勢必要探討封建體制對台灣民間信仰者的影響。

    在封建體制當中的皇帝稱為天子，這說明了民間所認知的皇帝，一方面是世俗政權的君主，但也一方面說明他也具有的神權地位。舉一例而言，民間所信仰的玉皇大帝可以封立神明，而就民間而言，皇帝是和玉皇大帝一般，同樣有封立神明的權力。

    在民間信仰中有諸多神明，主要是來自天庭的冊封，這些神明大多都是神話故事裡的人物，如太子爺、齊天大聖- ---等；但也有一些民間所認知的神明，則就是由皇帝所封立的，最顯著的例子就是媽祖，媽祖最早是由宋徽宗首先封立的，並且也是按照後宮的等級來封立，在宋朝時期媽祖由「夫人」的等級而升至「妃」，一直到清朝時期，經由當時皇帝的封立，媽祖的神格才升到「天后」的等級。

    也因此在台灣民間的認知之中，縱使是人間的皇帝，他們也具有和玉皇大帝一般有分封神明的權力。然而在封建體制之下一般民間的官吏，同樣也是由皇帝封立的。這使得民間認為這些地方父母官和地方神明，其實都是皇帝封立的，也都隸屬在同一個封建制度的體系內。也就是就台灣民間的信仰者而言，無論是政權和教權，其實都是掌握在封建制度的統治者的手中。

    這種封建體制所建立的政教關係，時至今日雖然台灣已走向民主制度，但卻仍然深刻地影響到台灣的政教關係。例如在地方廟會活動之中，地方父母官就經常成為宗教祭祀活動中的主祭者。對這些民間宗教的信仰者而言，他們認為地方父母官參與這類祭祀活動是天經地義的。他們甚至會在地方性的宗教活動之中，動用到地方的政治資源。例如北部北宜公路沿線的某鄉鎮在1999年辦了一次大型的普渡法會，在該次的普渡法會之中，就包含上自國家元首、以迄兩縣的首長，五個地區鄉鎮市長的參與之外，該次活動完全是由當地鄉公所人員來負責。也就是那次的宗教活動，完全是由政治人物擔綱來負責。

    甚至還有更為離譜的，在1997年南部某地區曾在某次的王爺醮典之中，就有地區部隊負責支援該次宗教活動。由於這類王爺醮典都是遵循封建時期的禮儀來進行，因此祭祀者就必須扮演各類的清朝官吏。在封建時期官吏出巡時，通常都有侍從舉牌隨行。那一年就有某個憲兵部隊，支援一整排的兵力，擔任當時王府「旗牌官」出巡時舉牌的侍從，甚至也同時輪班分擔王府的衛哨勤務。

    而就祭祀活動的內容來看，在台灣民間祭祀活動中具有影響力的道士，他們在祭典之中，手中持著笏，也就是封建體制官員在晉見皇帝之時手中所拿的笏；他們的祭文，是用稟奏的方式來呈現；而在那些要燒王船的王爺祭典之中，信徒間流傳著這些王爺被皇帝指派，負有「代天巡狩」的任務；並且在不公開的王府內部活動，內侍所採行的正是封建時期的禮儀。

    在某些活動現場，有一些虔誠的民間信仰者，他們穿上黑衣，戴上紙做的枷鎖，志願擔任犯人的角色，並且在廟宇周圍打掃，以此擔任犯人的苦行來祈福。

    這些事例都是說明了台灣的民間信仰活動，其實都是在封建體制的架構中進行，由於封建體制之中政治官吏和宗教神明都是由皇帝所封立，也因此在封建制度時期，當時的地方官員就不敢怠慢這些宗教事務。

    時到今日，雖然官員的任用是在民主政體當中所產生，但由於深具影響力的民間信仰，仍然是以封建制度的遺風來進行宗教活動，這就使得這些民主體制中的政治官員，也是想當然爾地擔任宗教活動祭祀人員，並且也可藉此迎合選民。

    當代的台灣雖然已經走上民主政治，並且也有一些學者諸如瞿海源等人大聲疾呼，希望國內能建立起政教分立的政治體制。但在台灣民間信仰的領域之中，因著封建體制的影響，使得政治人物不自覺地，就認為自己具有參與地方上宗教活動的義務，並且也藉著這些宗教活動，更加地累積自身的政治聲望。